Комиссия за проведение операций назначается отправителем добровольно. Размер комиссии влияет на приоритет при обработке транзакции. Обычно программа-клиент подсказывает рекомендуемый размер комиссии. Транзакции без комиссии возможны и также обрабатываются, однако не рекомендуются, поскольку время их обработки неизвестно и может быть довольно велико.
Одна из главных особенностей системы — полная децентрализация: нет центрального администратора или какого-либо его аналога. Необходимым и достаточным элементом этой платёжной системы является базовая программа-клиент (имеет открытый исходный код). Запущенные на множестве компьютеров программы-клиенты соединяются между собой в одноранговую сеть, каждый узел которой равноправен и самодостаточен. Невозможно государственное или частное управление системой, в том числе изменение суммарного количества биткойнов. Заранее известны объём и время выпуска новых биткойнов, но распределяются они относительно случайно среди тех, кто использует своё оборудование для вычислений[18], результаты которых являются механизмом регулирования и подтверждения правомочности операций в системе «Биткойн» (см. метод доказательства выполнения работы[19]).
Одним из следствий децентрализации является потенциальная возможность «двойного расходования», то есть передача одних и тех же биткойнов разным получателям. В обычных условиях от этого защищает включение транзакции в блокчейн. Но если контролировать более 50 % суммарной вычислительной мощности биткойн-сети, то существует теоретическая возможность «заменить» одну цепочку транзакций на другую[⇨].